सीबीआई के मुख्य सूचना अधिकारी आरसी जोशी अनुसार सीबीअआइ ने तत्कालीन वरिष्ठ मंडल अभियंता नीरज बापना, ठेकेदार पी अस्वारथा नारायण और अज्ञात लोक सेवकों व निजी व्यक्तियों के खिलाफ एक मामला दर्ज किया है। आरोप है कि आरोपितों ने पुल के नीचे सड़क में अतिरिक्त ऊंचाई प्रदान करने से संबंधित कार्य में ठेकेदार पी अस्वारथा नारायण के साथ मिल कर कथित रूप से भुगतान उठाया । आरोप है कि मानव रहित स्तर के क्रॉस ऊंचाई वाले गेज के पुराने ध्वंस्त संरचनात्मक स्टील का ही उपयोग कार्य के लिए किया गया था, जबकि कोई संरचनात्मक स्टील नहीं खरीदा गया। इसके बावजूद संबधित ठेकेदार को भुगतान किया गया।
आरोपित अधिकारी ने ठेकेदार द्वारा अपने रिश्तेदारों, मित्रों के खातों में हस्तांतरित धन के बदले में अवैध आय अर्जित की। सीबीआई ने प्रकरण में हुबली, कोल्हापुर के साथ ही बापना के भीलवाड़ा में शास्त्रीनगर स्थित आवास की तलाशी ली। यहां कार्रवाई के दौरान रेलवे के निर्माण कार्यों से जुड़े गुप्त दस्तावेजों की बरामदगी हुई।