लेकिन सेंट्रल काउंसिल आफ इंडियन मेडिसिन द्वारा सत्र 2018-19 की मान्यता के लिए निरीक्षण किए जाने और शिक्षकों तथा उपकरणों की कमी का हवाला देते हुए कालेज को 16 अक्टूबर को नोटिस जारी कर 24 अक्टूबर को परिषद के समक्ष उपस्थित होने को कहा गया। परिषद के समक्ष उपस्थित होकर कालेज ने बताया कि नोटिस में उल्लेखित सभी कमियां दूर कर ली गई है। निरीक्षण के समय समिति के समक्ष शिक्षकों की नियुक्ति एवं सहमति पत्र प्रस्तुत की गई थी, अभी उन्हीं शिक्षकों द्वारा सेवाएं दी जा रही है। परंतु कालेज के जवाब से असहमत होते हुए आयुष मंत्रालय द्वारा कालेज के सीटों की संख्या 100 से घटाकर 60 कर दी गई। मंत्रालय द्वारा कहा गया कि निरीक्षण दिनांक तक निर्धारित मापदंडों के आधार पर ही सीटें तय की जाती है।
उक्त आदेश से क्षुब्ध होकर भारती आयुर्वेदिक मेडिकल कालेज द्वारा अधिवक्ता जितेंद्र पाली, शांतम अवस्थी एवं प्रांजल शुक्ला के माध्यम से याचिका लगाई गई। मामले में निर्णय देते हुए हाईकोर्ट ने कहा कि निरीक्षण के दौरान ही शिक्षकों की नियुक्ति की प्रक्रिया शुरु कर दी गई थी। निर्धारित मापदंड के अनुसार 29 शिक्षकों का होना अनिवार्य था, जबकि 27 शिक्षक पहले से ही कार्यरत थे। परिषद का नोटिस मिलने तक 32 शिक्षकों की नियुक्ति हो चुकी थी, लिहाजा सीटें कम करना नीति संगत नहीं होगा। कोर्ट ने पूर्व की तरह 100 सीटों पर प्रवेश के आदेश दिए हैं। साथ ही राज्य शासन को आदेशित किया कि यूजी में प्रवेश के लिए भारती आयुर्वेदिक मेडिकल कालेज को भी शामिल करे।
