इसके बाद उन्हें एक निजी अस्पताल में ले जाया गया, जहां डॉक्टरों ने उन्हें मृत घोषित कर दिया। 82 वर्षीय नल्लम्मा जयललिता, उनकी करीबी वीके शशिकला और उनके रिश्तेदार जे. इलावरसी से जुड़े आय से अधिक संपत्ति मामले में जांच अधिकारी थे।
नायडू ने जांच के दौरान जयललिता के खिलाफ सभी आपत्तिजनक साक्ष्य एकत्र करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई थी। मुख्यमंत्री एमके स्टालिन ने नायडू के निधन पर शोक व्यक्त किया और उनके आवास पर उनके पार्थिव शरीर को श्रद्धांजलि भी दी।