केंद्र शासित प्रदेश पुदुचेरी के छात्रों को एमबीबीएस और बीडीएस पाठ्यक्रमों में प्रवेश के लिए सरकारी स्कूलों से 10 फीसदी होरिजोन्टल आरक्षण लागू करने की योजना को मंजूरी देने की मांग की थी। केंद्र शासित प्रदेश के कैबिनेट के फैसले ने सरकारी स्कूलों के छात्रों के लिए एक अलग कोटा प्रदान करके नीट की मेरिट को कम कर दिया। स्वास्थ्य मंत्रालय ने 10 दिसंबर, 2020 को एक कार्यालय ज्ञापन की वीडियोग्राफी की, जिसमें मेडिकल पाठ्यक्रमों में प्रवेश के लिए राज्य कोटे की सीटों में सरकारी स्कूलों के छात्रों को होरिजोन्टल आरक्षण देने के प्रस्ताव पर असहमति जताते हुए अवगत कराया। केंद्र सरकार के वकील ने विस्तृत रिपोर्ट दाखिल करने के लिए समय मांगा। न्यायाधीश ने सुनवाई को 25 फरवरी के लिए स्थगित कर दिया।