पुनर्निर्माण की प्रक्रिया के दौरान ऐतिहासिक स्वरूप को बरकरार रखते हुए कोटा स्टेशन को अत्याधुनिक लुक दिया जाएगा। यहां प्लेटफार्म नंबर एक से तीन तथा तीन से चार के बीच 36 मीटर चौड़े दो कोनकोर्स बनाए जाएंगे, जो आपस में जुड़े होंगे। इन दोनों कोनकोर्स पर एयरपोर्ट की तर्ज पर यात्रियों के लिए बैठने की व्यवस्था तथा कियोस्क का प्रावधान किया जाएगा। भीमगंजमंडी की ओर से प्लेटफार्म पर जाने के लिए दो प्रवेश द्वार होंगे, जबकि प्रस्थान के लिए अलग से नया ब्लाॅक बनाया जाएगा। इसी ब्लाॅक में करीब 3000 वर्गमीटर का आधुनिक वेटिंग हाॅल भी बनाया जाएगा। वीआईपी रूम और वीआईपी लाउंज का भी प्रावधान किया जाएगा। रेलवे काॅलोनी की ओर के प्लेटफार्म नंबर 4 का भी कायाकल्प किया जाएगा। वहां का प्रवेश द्वार भी नए अंदाज में दिखाई देगा।
डकनिया स्टेशन के पुनर्निर्माण में वहां दो नए प्लेटफार्म बनाए जाएंगे, जहां बिछने वाली लूप लाइप से न सिर्फ यहां गाड़ियों का ठहराव संभव होगा, बल्कि भविष्य में नई रेल गाड़ियां भी चलाई जा सकेंगी। वर्तमान में प्लेटफार्म को 10 से 12 मीटर तक चौड़ा किया जाएगा। डकनिया स्टेशन पर भी 36 मीटर चौड़ा कोनकोर्स बनाया जाएगा। यात्रियों को ठहरने की सुविधा देने के लिए 2 डोरमेट्री और 6 रिटायरिंग रूम बनाए जाएंगे। यहां भी यात्रियों के लिए 8 लिफ्ट और 6 एस्केलेटर का प्रावधान किया जाएगा। यह स्टेशन पूरी तरह दिव्यांग-फ्रेंडली होगा।