वर्ष 1989 में उनकी पार्टी ने राज्य विधानसभा में 27 सीटें जीतीं और वह तामिलनाडु में विपक्ष की पहली निर्वाचित नेता बनीं
चेन्नई। वर्ष 1987 में रामचंद्रन का निधन हो गया और इसके बाद अन्नाद्रमुक दो धड़ों में बंट गई। एक धड़े की नेता एमजीआर की पत्नी जानकी रामचंद्रन थीं और दूसरे की जयललिता, लेकिन जयललिता ने खुद को रामचंद्रन की विरासत का उत्तराधिकारी घोषित कर दिया। वर्ष 1989 में उनकी पार्टी ने राज्य विधानसभा में 27 सीटें जीतीं और वह तामिलनाडु में विपक्ष की पहली निर्वाचित नेता बनीं।
वर्ष 1991 में राजीव गांधी की हत्या के बाद राज्य में हुए चुनावों में उनकी पार्टी ने कांग्रेस के साथ चुनाव लड़ा और सरकार बनाई। वह 24 जून 1991 से 12 मई तक राज्य की पहली निर्वाचित मुख्यमंत्री और राज्य की सबसे कम उम्र की मुख्यमंत्री रहीं। 1996 में उनकी पार्टी चुनावों में हार गई और वे खुद भी चुनाव हार गईं। इस हार के बाद सरकार विरोधी जनभावना और उनके मंत्रियों के खिलाफ भ्रष्टाचार के कई मामले उजागर हुये।
पहली बार मुख्यमंत्री रहते हुए उन पर कई गंभीर आरोप लगे। 2001 में विधानसभा चुनाव जीत कर वह फिर एक बार तमिलनाडु की मुख्यमंत्री बनने में सफल हुईं। अप्रैल 2011 में जब 11 दलों के गठबंधन ने 14वीं राज्य विधानसभा में बहुमत हासिल किया तो वे तीसरी बार मुख्यमंत्री बनीं। उन्होंने 16 मई 2011 को मुख्यमंत्री पद की शपथ लीं और तब से वह राज्य की मुख्यमंत्री हैं जयललिता यानी अम्मा के नाम से तमिलनाडु में कई लोकप्रिय योजनाएं चल रही हैं, इनमें अम्मा कैंटीन, अम्मा वॉटर, अम्मा नमक, अम्मा दवाई शामिल हैं। इसमें अब अम्मा सीमेंट का नाम भी शामिल हो गया है। वर्ष 1997 में उनके जीवन पर बनी एक तमिल फिल्म ‘इरूवर’ आई थी जिसमें विश्व सुंदरी ऐश्वर्या राय ने उनकी भूमिका निभाई थी।