लोकसभा में मचा हंगामा जब ए राजा बोल ही रहे थे उसी समय प्रज्ञा ठाकुर ने बीच में दखल देते हुए कहा कि आप एक देशभक्त का उदाहरण नहीं दे सकते हैं। उनके इस बयान के बाद लोकसभा में हंगामा मच गया। हालांकि प्रज्ञा सिंह ठाकुर के बयान को लोकसभा की कार्यवाही से हटा दिया गया। भाजपा नेता जीवीएल नरसिम्हा राव का कहन है कि प्रज्ञा ठाकुर पर पार्टी कार्रवाई कर सकती है। उनके बयान पर हंगामा होने के बाद जब पत्रकारों ने प्रज्ञा सिंह ठाकुर से सवाल किया तो उन्होंने कहा कि मैं कल जवाब दूंगी।
पहले भी दे चुकी हैं ऐसा बयान बता दें, प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने कोई पहली बार नाथूराम गोडसे को देशभक्त नहीं बताया है। लोकसभा चुनाव के दौरान भी उन्होंने नाथूराम गोडसे को देशभक्त बताया था। प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने कहा था- नाथूराम गोडसे एक देशभक्त थे, हैं और हमेशा रहेंगे। उन्हें आतंकवादी कहने वाले लोगों को अपने गिरेबान में झांकना चाहिए।
विवाद बढ़ने पर मांगी थी माफी तब भाजपा ने उनके बयान की निंदा की थी और उन्हें सार्वजनिक रूप से माफी मांगने के लिए कहा था। बीजेपी की ओर से साध्वी प्रज्ञा को विवादित बयान पर कारण बताओ नोटिस दिया गया था और अनुशासनात्मक कमेटी को मामला सौंपा गया था। विवाद बढ़ने के बाद उन्होंने माफी मांग ली थी।
पीएम मोदी ने भी जताई थी नाराजगी प्रज्ञा सिंह ठाकुर के बयान पर पीएम नरेंद्र मोदी ने भी नाराजगी जताई थी। उन्होंने कहा है कि महात्मा गांधी और नाथूराम गोडसे को लेकर जो भी बातें की गईं हैं, वे बातें घृणा के लायक हैं। सभ्य समाज में इस प्रकार की बातें नहीं चलती हैं। पीएम मोदी ने कहा कि भले ही इस मामले में उन्होंने (साध्वी प्रज्ञा) माफी मांग ली हो, लेकिन मैं अपने मन से उन्हें कभी भी माफ नहीं कर पाऊंगा।
अदालत में चल रहा है मामला बता दें, प्रज्ञा सिंह ठाकुर 2008 मालेगांव विस्फोट मामले में आरोपी हैं और जमानत पर बाहर हैं। अभी भी ये मामला कोर्ट में है। भोपाल में हुए मुकाबले में प्रज्ञा ठाकुर ने कांग्रेस नेता दिग्विजय सिंह को हराया था।