मोर्सी की मौत का कारण हार्ट अटैक बताया जा रहा है। मीडिया रिपोर्ट के अनुसार मुर्सी लंबे समय से लिवर और किडनी की परेशानियों से जूझ रहे थे। मानवाधिकार समूहों का आरोप है कि मुर्सी की मौत स्वाभाविक बीमारी के कारण नहीं हुई है। उन्हें लंबे समय से सही इलाज नहीं मिल रहा था। मिस्र में सैन्य शासन की स्थापना के बाद से अब्दुल फतह अल-सीसी के शासन के दौर में मानवाधिकारों के हनन का आरोप लगाया जा रहा है।
मुर्सी की मौत पर ह्यूमन राइट्स वॉच के साराह लिह विटसन का कहना है कि पूर्व राष्ट्रपति मुर्सी की मौत का कारण पिछले कई साल से सरकार द्वारा उनके साथ बुरा बर्ताव करना रहा है। उन्हें लंबे समय सही दवाइयों से वंचित रखा गया। जरूरी चिकित्सा सुविधाएं नहीं दी गईं और परिवार और वकीलों से भी नियमित तौर पर मिलने नहीं दिया गया। इसके कारण उनके स्वास्थ्य पर गहरा असर पड़ा।