29 सितंबर 2008 को मालेगांव में अंजुमन चौक पर शकील गुड्स ट्रांसपोर्ट कंपनी के सामने बम धमाका हुआ। इस धमाके में 7 लोगों की मौत हुई थी और 100 से अधिक लोग घायल हुए थे। यह धमाका एल एम एल फ्रीडम मोटरसाइकिल में हुआ था। जांच में पाया गया कि विस्फोटक को बाइक में फिट किया गया था। इस धमाके के संबंध में आजाद नगर पुलिस स्टेश में मामला दर्ज किया गया था। इस मामले में हत्या, हत्या की कोशिश और आपराधिक साजिश के साथ यूएपीए भी लगाया गया था। बाद में इस मामाले कि जांच एटीएस को सौंप दी गई थी। एटीएस ने बाइके के चैसीस नम्बर से मिले सबूत को आधार मानकर सबसे पहले साध्वी प्रज्ञा ठाकुर को गिरफ्तार किया। जांच में बताया गया कि धमाके वाली बाइक साध्वी के नाम पर रजिस्टर्ड थी। उसके बाद स्वामी दयानंद पांडे, मेजर रमेश उपाध्याय और कर्नल प्रसाद श्रीकांत पुरोहित समेत कुल 11 को गिरफ्तार कर लिया गया था।