माओवाद समर्थक होने का आरोप पुलिस सूत्रों की मानें तो फादर स्टेन स्वामी पर झारखंड के रांची स्थित खूंटी पुलिस स्टेशन में 26 जुलाई 2018 को आइटी एक्ट में एक केस दर्ज किया गया है। इसमें देशद्रोह, सोशल मीडिया के माध्यम से पत्थरगड़ी को बढ़ावा देने, सरकार के खिलाफ लोगों को भडक़ाने, सरकारी योजनाओं का विरोध करने मामला दर्ज है। स्वामी झारखंड में नक्सलवाद के खिलाफ चल रहे ऑपरेशन ग्रीन हंट को लेकर आदिवासियों के साथ विरोध प्रदर्शन करते नजर आए। मूल रूप से केरल के रहने वाले स्वामी पिछले 40 वर्षों से झारखंड में आदिवासियों के लिए काम कर रहे हैं।