गृह मंत्रालय ने एक गजट अधिसूचना में कहा कि उपलब्ध रिकॉर्ड एवं खुफि या एजेंसियों से प्राप्त रिपोर्ट के अनुसार यह पाया गया कि आईआरएफ एजुकेशनल ट्रस्ट ने विदेशी योगदान नियमन कानून (एफ सीआरए) 2010 के विभिन्न प्रावधानों का उल्लंघन किया है। परिणामस्वरूप अब केंद्र सरकार एफ सीआरए 2010 की धारा 11 उपधारा तीन में निहित अधिकारों का प्रयोग करते हुए यह स्पष्ट करती है कि आईआरएफ एजुकेशनल ट्रस्ट कानून की धारा 12 तथा इसके नियमों के तहत कोई भी विदेशी योगदान लेने से पहले केंद्र सरकार से हर बार पूर्व अनुमति लेगी।
आधिकारिक सूत्रों ने बताया कि यह कदम तब उठाया गया है, जबकि विभिन्न जांच में पाया गया कि नाइक एनजीओ के लिए आए धन का इस्तेमाल युवाओं को कथित रूप से कट्टरपंथी बनाने और उन्हें आतंककारी गतिविधियों के लिए प्रेरित करने में कर रहा था।
सरकार जाकिर नाइक की ओर से शुरू की गई एक अन्य एनजीओ इस्लामिक रिसर्च फ ाउंडेशन का एफ सीआरए पंजीकरण रद्द करने की प्रक्रिया में है। इस संबंध में संस्था को अंतिम कारण बताओ नोटिस जारी किया जा चुका है।