जबकि एक अभियुक्त के खिलाफ़ और अतिरिक्त धाराओं को जोड़ा गया है और ये पांचों को अभियुक्त पुणे में बरामद किए गए अवैध असलहे और पकड़े गए बड़े पैमाने पर पकड़े गए विस्फोट से जुड़े केस में पकड़े गए थे।
साल 2023 के जुलाई महीने में राष्ट्रीय जाँच एजेंसी ने कुल 11 लोगों को गिरफ़्तार कर दहशत फैलाने की साज़िश के मामले में अभियुक्त बनाया था। पुणे से राष्ट्रीय जाँच एजेंसी (NIA) ने काफ़ी बड़े पैमाने पर असलहे, विस्फोटक पदार्थ, ख़तरनाक कैमिकल वेपन्स और ISIS से जुड़ी आपत्तिजनक किताबें ज़ब्त किया था।
जिन चार लोगों के ख़िलाफ़ गुरुवार को चार्जशीट दाख़िल की गई है उनके नाम है मोहम्मद शाहनवाज़ आलम, रिज़वान अली, अब्दुल्लाह शेख़, तलहा लियाक़त ख़ान। इसके अलावा जिस अभियुक्त के ख़िलाफ़ अतिरिक्त धारा लगायी गई है उसका नाम शमील नचन है।शमील नचन पर पहले गिरफ़्तार किए गए 7 अभियुक्तों के साथ कई धाराएँ पहले ही लगायी जा चुकी है।
अन्य 7 अभियुक्तों जिनके ख़िलाफ़ चार्जशीट दाख़िल की गई है उनके नाम हैं-मोहम्मद इमरान, मोहम्मद यूनुस साक़ी, कदीर दस्तगीर पठान, सीमाब काजी, जुल्फिकार अली बरोडावाला और अकीफ नचान
मोहम्मद शाहनवाज़ आलम को बाइक चोरी के मामले में गिरफ़्तार किया गया था। पुणे पुलिस ने उसे कुठरूड इलाक़े से गिरफ़्तार किया था। जिसके बाद राष्ट्रीय जाँच एजेंसी ने उसे भगोड़ा घोषित किया था। उसकी तलाश जारी थी। 2 नवंबर 2023 में मारे गए छापे के दौरान मोहम्मद शाहनवाज़ आलम को एनआइए ने दहशतगर्दी से जुड़े मामले में दोबारा गिरफ़्तार कर लिया। उसे अपनी कस्टडी में लेकर NIA ने उसका DNA टेस्ट भी करवाया।
राष्ट्रीय जाँच एजेंसी को छानबीन में पता चला कि पकड़े गए अभियुक्तों द्वारा पुणे के साथ साथ महाराष्ट्र के अलग अलग इलाकों में आतंक फैलाने विस्फोट करने का मंसूबा था। इसी के चलते वो विदेशों में बैठे अपने आकाओं से फंड भी ले रहे थे। इसके अलावा पकड़े गए अभियुक्त पुणे और उसके आस पास चोरी,लूट, अवैध हथियारों की सप्लाई का काम भी कर रहे थे।इसके ज़रिए उन्हें आतंकी साज़िश को अंजाम देने के लिए पैसे मिल रहे थे।
जाँच टीम को ये भी पता चला है कि पुणे के कुंडवाना में इन लोगों को IED बनाने और IED के ज़रिए ब्लास्ट की पूरी ट्रेनिंग गुपचुप तरीक़े से दी गई थी। इन लोगों ने कम इंटेंसिटी का ब्लास्ट करके भी देखा था। NIA के सूत्रों के मुताबिक़ इन अभियुक्तों ने गुजरात और महाराष्ट्र के महत्वपूर्ण शहरों और स्थानों पर ब्लास्ट करने की जगहों को भी चिन्हित किया था ।इन अभियुक्तों ने ISIS से जुड़े इन अभियुक्तों ने पश्चिमी घाट में तमाम ऐसे इलाकों की रेकी की जहाँ आतंकवादी घटनाओं को अंजाम देने के बाद छिपा जा सके।
एनआइए ने अभियुक्तों के पास से एक ड्रोन के अलावा वो महत्वपूर्ण दस्तावेज़ और IED बनाने की ट्रेनिंग के हस्तलिखित काग़ज़ात हासिल किए हैं। कुछ कपड़े भी बरामद किया। इसके अलावा एक चाक़ू भी बरामद किया है, जिसके ज़रिए ISIS के ख़लीफ़ा के नाम पर इन लोगों ने भारत में दहशत फैलाने की शपथ ‘बैयाथ’ ली थी।