मंदिर में प्रवेश करते ही बेहोश हो जाती थीं
ऐसा कहा जाता है कि इस मंदिर में पहले महिलाएं प्रवेश करते ही बेहोश हो जाती थीं या कुछ ना कुछ अनहोनी हो जाती थी। इस कारण यहां महिलाओं का प्रवेश वर्जित था। 1990-91 में माता की विशेष पूजा-अर्चना की गई और उनसे विनती की गई। इसके बाद महिलाओं का प्रवेश कराया गया।
मंदिर परिसर में चट्टान पर लिखित लिपि रहस्यपूर्ण है। ऐसी मान्यता है कि जो इस लिपि को पढ़ लेगा, उसे खजाने की प्राप्ति होगी। इस लिपि को आज तक किसी के पढ़े जाने का प्रमाण नहीं है। इस लिपि में 84 लाख जीव-जंतुओं के भोजन के खर्च का ब्यौरा लिखा जाना बताया जाता है।
एक और कहानी प्रचलित
इस मंदिर का तार उत्तर प्रदेश के लखनऊ के पास स्थित कड़ा मानिकपुर के लोगों से भी जुड़ा है। कंकालीन मंदिर के पुजारी अभिषेक सोनी ने बताया कि उनके पूर्वज सुखदेव प्रसाद को राजा ने आभूषण बनाने के लिए यहां बुलाया था। कुछ दिनों के पश्चात मां कंकालीन देवी ने स्वप्न में कहा कि मैं जोगी गुफा पहाड़ के नीचे चट्टानों से ढ़की हूं। चट्टानों की खुदाई कराकर स्थापना करो। सुखदेव ने यह बात राजा को बताई।
राजा ने इसकी अनुमति नहीं दी और कहा कि मां ने हमको क्यों नहीं बताया लेकिन बार-बार सुखदेव को स्वप्न आते रहे। इस पर पुन: सुखदेव ने आग्रह किया तो राजा ने कहा कि यदि मूर्ति नहीं निकली तो 100 कोड़े लगाए जाएंगे। इस पर सुखदेव ने सहमति दे दी तो राजा ने खुदाई कराई और कंकालीन देवी व भैरो नाथ की मूर्तियां निकली, जिसकी राजा ने विधिवत स्थापना कराई और यह आज कंकालीन देवी के रूप में विख्यात है। आज भी सुखदेव के परिवार के लोग ही पूजा करते हैं और यहीं पर बस गए हैं। आज सुखदेव की पांचवी पीढ़ी के अभिषेक यहां पूजा-पाठ कर रहे हैं।