कोविड-19 संक्रमण का असर दिमाग पर भी पड रहा है जिसके कारण दिमाग में सूजन (स्वेलिंग) आ जाती और सिरदर्द बढ़ जाता है। ऐसे कई दुर्लभ मामले सामने आ रहे हैं। मरीजों में बोलने और अलग-अलग स्वाद को पहचानने की क्षमता भी घट रही है। लिट्रेचर से पता चलता है कि दुनिया के कई न्यूरोलॉजिस्ट ने इस बात की पुष्टि की है कि ये कोविड-19 वायरस दिमाग को भी प्रभावित कर रहा है। विशेषज्ञ इसे ब्रेन डिसफंक्शन कह रहे हैं। ये वायरस दिमाग को इस प्रकार प्रभावित कर रहा है कि मरीज अपनी याददाश्त के साथ-साथ अपने बोलने की क्षमता तक खो बैठता है।
डॉक्टरों ने गहन अध्यन और खोज करने पर पाया कि इसमें ब्रेन स्ट्रोक, दिमागी दौरे, एनसेफेलाइटिस के लक्षण, दिमाग में खून के थक्के जमना, सुन्न हो जाना एवं तंत्रिकाओं के प्रभावित होने का कारण न्यूरोपेथी एवं मायोपेथी (मांसपेशियों में दर्द एवं कमजोरी शामिल है) है। कुछ मामलों में मरीज बुखार एवं सांस में परेशानी होने से पहले बेहोश हो जाता है।