स्वामी चिन्मयानंद पर उन्ही के कॉलेज में पढ़ने वाली लॉ की छात्रा ने रेप का आरोप लगाया था। सुप्रीम कोर्ट के निर्देश पर उत्तर प्रदेश सरकार ने मामले Chinmayanand Case की जांच के लिए एसआईटी SIT का गठन किया था। एसआईटी ने इस मामले में स्वामी चिन्मयानंद, छात्रा और उसके तीन साथियों को गिरफ्तार किया था। स्वामी चिन्मयानंद पर यौन शोषण का आरोप है तो छात्रा और उसके साथियों पर पांच करोड़ की रंगदारी मांगने का आरोप लगा है।
एसआईटी जांच के दौरान तमाम वीडियो भी वायरल हुए थे। वायरल वीडियो में चिन्मयानंद का मालिश कराने का वीडियो वायरल हुआ था जबकि छात्रा और उसके साथियों का रंगदारी से संबंधित वीडियो वायरल हुआ था। एसआईटी ने सभी वीडियो की जांच फॉरेंसिक लैब से कराई है साथ ही सभी पांच आरोपियों की आवाज के नमूने भी लिए गए हैं।