खान 2008 से ही वांछित था और उसके खिलाफ एक लुकआउट नोटिस जारी किया गया था। खान को उस समय गिरफ्तार कर लिया गया, जब वह किसी अज्ञात स्थान से मुंबई पहुंचा। वह उत्तर प्रदेश के फतेहपुर में बांदीपुर पुलिस थानांतर्गत आने वाले गांव, हथगांव का निवासी है।
जांचकर्ताओं ने कहा कि लुकआउट नोटिस के आधार पर खान को मुंबई हवाईअड्डे से गिरफ्तार किया गया। उत्तर प्रदेश एटीएस को सूचित किया गया, जिसने आगे की जांच के लिए एक टीम को मुंबई भेजा।
रामपुर में सीआरपीएफ शिविर पर 2008 में किए गए हमले के लिए गिरफ्तार किए गए दो आतंकियों ने पुलिस से कहा कि खान ने पाकिस्तान के मुजफ्फराबाद में स्थित एक आतंकी शिविर में प्रशिक्षण ले रखा था। जांचकर्ताओं के अनुसार, वह पाकिस्तानी आईएसआई एजेंट आफताब का आका भी था, जिसे फैजाबाद में गिरफ्तार किया गया। खान आफताब को धन भेजता था।
