फाइबर ज्यादा होने की वजह से कुछ लोगों को इस आटे को खाने के बाद पेट दर्द, अपच, सूजन या गैस बन सकती है।
कुछ लोगों को इस आटे से एलर्जी भी हो सकती है। इसे खाने के बाद स्किन पर रिएक्शन, पेट में दिक्कत और सांस लेने में तकलीफ हो सकती है।
कुट्टू के आटे में अगर पहले से ही नमक या सोडियम वाली कोई चीज मिलाई गई है तो इसे खाने से ब्लड प्रेशर प्रभावित हो सकता है।
कुट्टू का आटा बाकी अनाज की तुलना में प्रोटीन और विटामिंस की कमी कर सकता है, इसलिए इसे संतुलित आहार के तौर पर ही इस्तेमाल करना ठीक होता है।
कुट्टू के आटे में फॉस्फोरस होता है, जो ज्यादा खाने से किडनी की हेल्थ प्रभावित कर सकता है।