साल 2003 में चौधरी बशीर ने देवरिया की विधायक गजाला लारी से प्रेम विवाह किया था। दूसरी शादी दिल्ली की गिन्नी कक्कड़ से हिन्दू रीति-रिवाज से हुई। तीसरी शादी दिल्ली की ही तरन्नुम के साथ हुई। चौथी शादी आगरा की नगमा के साथ 11 नवंबर 2012 को और पांचवी शादी 2018 में रुबीना कुरैशी से की। कुरैशी एक पूर्व विधायक के भाई की पत्नी थी। 23 जुलाई को चौधरी बशीर ने छठी शादी शाहिस्ता नामक महिला से किया है।
आगरा के थाना मंटोला में पूर्व मंत्री बशीर की चौथी पत्नी नगमा ने पति के खिलाफ तीन तलाक का मुकदमा दर्ज कराया है। नगमा ने पूर्व मंत्री पर और भी कई गंभीर आरोप लगाए हैं। पूर्व मंत्री पर यह मुकदमा एसएसपी के आदेश के बाद दर्ज हुआ है। नगमा ने अपना एक वीडियो सोशल मीडिया पर भी अपलोड किया है।
आगरा के ताजगज इलाके के करीमनगर की रहने वाली नगमा के अनुसार वह तीन साल से अपने मायके में रह रही हैं। नगमा से उसके दो बेटे अफरीदी और अफजल हैं। चौधरी बशीर के साथ उनका कोर्ट में विवाद चल रहा है। इसी 23 जुलाई को चौधरी बशीर ने छठी शादी की है। वह उसके नौकर की बहन है। यह उसकी छठवीं शादी हैष इसके विरोध में जब वह उनके पास गईं, तब उन्होंने तीन बार तलाक कहकर भगा दिया। नगमा के अनुसार बशीर ने जिस महिला से छठा निकाह किया है वह पहले से ही शादीशुदा है। उसका अभी तक अपने पहले पति से तलाक भी नहीं हुआ है।
नगमा का आरोप है कि उसके पति चौधरी बशीर को महिलाओं के साथ अय्याशी करने का शौक है। नगमा का कहना है कि 2012 में मेरे साथ चौथी शादी के कुछ दिनों बाद ही उन्होंने शारीरिक और मानसिक उत्पीड़न किया। फिर कई बार जबरन शारीरिक संबंध बनाए। इस मामले में चौधरी बशीर मुकदमा दर्ज हुआ था, जिसमें वह 23 दिन जेल में भी रह कर आए थे।
थाना मंटोला के प्रभारी विनोद कुमार के अनुसार पूर्व मंत्री के खिलाफ मुस्लिम महिला संरक्षण अधिनियम तीन तलाक के तहत मुकदमा दर्ज किया गया है। चौधरी बशीर पर इसके अलावा कई अपराधिक मामले भी दर्ज हैं, जो कोर्ट में विचाराधीन हैं।
आगरा के ढोलीखार के रहने वाले चौधरी बशीर मुलायम सरकार में मंत्री रह चुके हैं। यह 2002 में बीएसपी से विधायक भी चुने गये थे। मायावती सरकार गिर जाने के बाद मुलायम सिंह के नेतृत्व में बनी सरकार में मंत्री बनाए गए। इसके बाद यह कई चुनाव लड़े और कई दलों में रहकर राजनीति कर रहे हैं।