इसी बीच फतेगंज थाने के तीन पुलिसकर्मी उनको पूछताछ के लिए थाने ले गए थे। बाद में बाबू शेख रहस्यमय तरीके से लापता हो गए। बाबू शेख के परिजनों ने उनकी तलाश शुरू की, लेकिन कहीं भी पता नहीं चला। परिजनों ने उनकी अलग-अलग थाना क्षेत्रों और अस्पतालों में भी तलाश की, लेकिन पता नहीं चला।
जांच के दौरान अलग-अलग लोगों के बयान लिए गए। जांच में सामने आया कि तत्कालीन पुलिस निरीक्षक धर्मेन्द्रसिंह एवं सर्वेलांस टीम ने बाबू शेख को हिरासत में लिया था, जिसमें शारीरिक और मानसिक प्रताडऩा से मौत होने बात उजागर हुई थी। बाद में शव रफादफा कर दिया गया था। यहां तक कि फरियाद की कॉपी तक नष्ट करने की बात भी सामने आई।
जांच में ऐसे गंभीर तथ्य सामने आने के बाद पुलिस निरीक्षक धर्मेन्द्रसिंह गोहिल, उप निरीक्षक दशरथ रबारी, पंकजभाई, योगेन्द्रसिंह, राजेशभाई और हितेशभाई के खिलाफ मामला दर्ज किया गया। अदालत के हस्ताक्षेप के बाद पुलिस निरीक्षक सहित छह पुलिस कर्मचारियों पर कार्रवाई की गई।
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