साल 2005 में राज ठाकरे भी एकनाथ शिंदे की राह पर चले थे, जब राज ठाकरे ने उनके और उद्धव ठाकरे के बीच सत्ता संघर्ष के बाद शिवसेना के संरक्षक बालासाहेब ठाकरे के खिलाफ विद्रोह किया था।
महाराष्ट्र के नए मुख्यमंत्री एकनाथ शिंदे को राज ठाकरे ने नसीहत देते हुए कहा कि सतर्क रहें। सोच समझकर कदम उठाएं। ईश्वर ने आपको महाराष्ट्र के जनता की सेवा का अवसर दिया है। मैं आशा करता हूं कि आप इसे अपने प्रदर्शन से साबित करेंगे। उद्धव ठाकरे के इस्तीफे के बाद मनसे प्रमुख राज ठाकरे ने एक ट्वीट कर उद्धव ठाकरे पर निशाना साधते हुए कहा जब कोई सौभाग्य को अपनी व्यक्तिगत उपलब्धि समझने लगता है, तो उसके साथ पतन की ओर यात्रा शुरू होती है। महाराष्ट्र की सियासी संकट में राज ठाकरे ने आगे आकर कुछ ज्यादा नहीं किया, लेकिन मीडिया रिपोर्ट्स की माने तो एकनाथ शिंदे ने इस दौरान राज ठाकरे से दो बार फोन बात की थी।
बता दें कि महाराष्ट्र की सियासी संग्राम से कुछ दिन पहले एमएनएस प्रमुख राज ठाकरे ने मस्जिदों के ऊपर लगे लाउडस्पीकरों का मुद्दा उठाया था। राज ठाकरे ने कहा था कि यदि मस्जिदों से लाउडस्पीकर नहीं हटाए गए तो उनके कार्यकर्ता मस्जिदों के सामने खड़े होकर लाउटस्पीकर पर हनुमान चालीसा का पाठ करेंगे।