मंदिर के गर्भगृह में भगवान विष्णु की विशाल मूर्ति विराजमान है जिसे देखने के लिए हजारों भक्त दूर दूर से यहाँ आते हैं। इस प्रतिमा में भगवान विष्णु शेषनाग पर शयन मुद्रा में विराजमान हैं। बता दें कि, पद्मनाभस्वामी मंदिर के समारोह के दसवें और अंतिम दिन मूर्ति का स्नान समारोह के लिए शोभायात्रा निकाली जाती है और यह स्थानीय अंतरराष्ट्रीय एयरपोर्ट के रन-वे से होकर गुजरती है। इस दौरान पांच घंटे के लिए यहां विमानों का परिचालन रोक दिया जाता है। एयरपोर्ट की तरफ से यह शोभायात्रा निकाले जाने से एक सप्ताह पहले नोटिस जारी किया जाता है। इस नोटिस में हवाई क्षेत्र प्रबंधन के लिए प्रतिष्ठान से संबंधित जानकारी, वहां दी जाने वाली सुविधाओं, सेवाओं और प्रक्रियाओं की स्थिति या उनमें किसी तरीके के होने वाले बदलाव समेत अन्य जानकारी होती है। यहां आने वाले और यहां से उड़ान भरने वाले विमानों का परिचालन पांच घंटे के लिए पूरी तरह बंद कर दिया जाता है। मान्यता है कि सबसे पहले इस स्थान से विष्णु भगवान की प्रतिमा प्राप्त हुई थी जिसके बाद उसी स्थान पर इस मंदिर का निर्माण किया गया है।
