पिछले कई माह से विश्वविद्यालय में चल रही थी वर्चस्व की जंग रुहेलखंड विश्वविद्यालय पिछले कई माह से कुलपति प्रोफेसर केपी सिंह और कुल सचिव अजय कृष्णा यादव की जंग का अखाड़ा बन चुका था। आरोप, प्रत्यारोपों की झड़ी में कई बार शासन और राज भवन को चिट्ठियां लिखी गईं। शासन और राजभवन के हस्तक्षेप के बावजूद झगड़ा शांत नहीं हो रहा था। इसके बाद उच्च शिक्षा विभाग के विशेष सचिव गिरजेश कुमार त्यागी ने आदेश जारी कर विश्वविद्यालय के कुल सचिव अजय कृष्ण यादव को काशी विद्यापीठ के परीक्षा नियंत्रक पद का अतिरिक्त प्रभार सौंपा है। महात्मा गांधी काशी विद्यापीठ वाराणसी में सुनीता पांडे को कुल सचिव के पद पर तैनात किया गया है।
उप कुलसचिव सुनीता यादव के पास रहेगा कुल सचिव का अतिरिक्त प्रभार 10 अप्रैल को शिक्षकों ने प्रोन्नत फाइल को लेकर कुल सचिव अजय कृष्ण यादव का घेराव किया था। उन्हें कार्यालय में बंद कर प्रदर्शन किया। इसके बाद से कुलपति और कुल सचिव के बीच का विवाद कागजों की फाइलों से निकलकर बाहर आ गया। विश्वविद्यालय के कुलपति प्रोफेसर केपी सिंह ने कुल सचिव को लेकर राजभवन और शासन को तमाम शिकायतें की थीं। इसके बाद शासन ने इस विवाद को थामने के लिए कुल सचिव को विश्वविद्यालय से हटा दिया है। रुहेलखंड विश्वविद्यालय की उप कुलसचिव सुनीता यादव को कुल सचिव का अतिरिक्त प्रभार दिया गया है।