तीन दिन बाद सोनी ने खुद पुलिस में गुमशुदगी की शिकायत दर्ज कराई, जिसमें दावा किया गया कि अल्पना बाजार गई थी और वापस नहीं लौटी। हालांकि, घटना वाली सुबह दंपति को निर्माण स्थल की ओर जाते हुए दिखाने वाले सीसीटीवी फुटेज ने घटना का खुलासा कर दिया। पुलिस ने जब सख्ती की तो आरोपी 18 अक्टूबर को अपने बच्चों के साथ लापता हो गया। मोबाइल फोन ट्रेस के जरिए जांचकर्ता एर्नाकुलम दक्षिण रेलवे स्टेशन पहुंचे, जहां सब-इंस्पेक्टर साजू टी. लुकोस के नेतृत्व में एक पुलिस दल ने उसे गिरफ्तार कर लिया गया।