वर्ष 2004-05 में अजमेर-पुष्कर रेल ट्रेक का कार्य शुरू हुआ था। इसके लिए रेलवे ने विश्वविद्यालय के क्षेत्राधिकार वाली पहाड़ को काटकर लाइन डाली। इसकी एवज में रेलवे को विश्वविद्यालय को मुआवजा राशि अथवा जमीन के बदले जमीन देनी थी। विश्वविद्यालय के पूर्व कुलसचिव किशोर कुमार, सुरेश सिंधी और अन्य ने रेलवे को कई बार पत्र भेजे पर ना राशि ना जमीन नहीं मिल पाई। आरओबी के प्रस्ताव पर भी रेलवे ने साल 2005 से पुराने मामले को लंबित रखने पर ऐतराज जताया।