अनु कपूर भले ही अपनी किरदार से लोगों का मनोरंजन करते रहे हों, लेकिन उनकी जिन्दगी एक फिल्मी कहानी की तरह थी। पहले उन्होंने साल 1992 में अनुपमा पटेल से शादी की। और शादी के 1साल बाद 1993 में उन्हें तलाक दे दिया, इसके बाद उन्होंने जीटीवी के शो 'सारेगामापा' की को-होस्ट अरुणिता मुखर्जी से साल 1995 में शादी कर ली। दोनों की 2001 में एक बेटी भी हुई, इसके बाद अनु कपूर एक बार फिर से अपनी पहली पत्नी के संपर्क में आ गए। और अरुणिता के तलाक देकर फिर से पहली पत्नि अनुपमा पटेल से शादी कर ली।