NPS में दो तरह के अकाउंट होते हैं। पहला Tier-I और दूसरा Tier-II। Tier-I एक रिटायरमेंट अकाउंट होता है, जिसे हर सरकारी कर्मचारी के लिए खुलवाना अनिवार्य है। वहीं Tier-II एक वॉलेंटरी अकाउंट होता है, जिसमें कोई भी वेतनभोगी अपनी तरफ से इन्वेस्टमेंट शुरू कर सकता है और कभी भी पैसे निकाल सकता है। पीएफआरडीए सरकार से टियर-दो एनपीएस खाते को टैक्स फ्री करने का लाभ सभी अंशधारकों को देने का आग्रह करने का निर्णय लिया है। अथॉरिटी का कहना है कि टियर-दो एनपीएस खातों को हाल में विशिष्ट रूप से केंद्र सरकार के कर्मचारियों के लिए टैक्स फ्री किया गया है। हम चाहते हैं कि इसका लाभ दूसरे नियोक्ताओं को भी मिलें। इसलिए इसके विस्तार पर जोर दिया जा रहा है। जिससे इसे टैक्स फ्री का दर्जा मिल सके।टैक्स फ्री टियर-दो खाते में लॉक-इन की अवधि तीन साल की होती है।