उनके निधन पर मुख्यमंत्री अशोक गहलोत ने शोक व्यक्त करते हुए कहा कि सुप्रसिद्ध मूर्तिकार पद्मश्री सहित कई पुरस्कारों से सम्मानित अर्जुन प्रजापति के असामयिक निधन का समाचार अत्यंत दुखद है। उन्होंने कहा कि मूर्तिकार प्रजापत ने मूर्तिकला को नए आयाम दिए और प्रदेश का नाम पूरी दुनिया में बढ़ाया। उनका निधन कला जगत के लिये अपूरणीय क्षति है।
उन्होंने कहा कि इस कठिन समय में मेरी गहरी संवेदनायें शोकाकल परिजनों एवं मूर्तिकला जगत के साथ है। ईश्वर उन्हें यह आघात सहने का सम्बल दे और दिवंगत की आत्मा को शांति प्रदान करे। राजस्थान के चिकित्सा एवं स्वास्थ्य मंत्री डॉ. रघु शर्मा ने उनके आकस्मिक निधन पर शोक व्यक्त करते हुए कहा कि मूर्तिकार अर्जुन प्रजापति ने मूर्तिकला के क्षेत्र में एक विशिष्ट पहचान बनाई थी। उनकी कला ने देश-विदेश में राजस्थान को गौरवान्वित किया। प्रजापति कलाकार होने के साथ सामाजिक कार्यों में भी सदैव अग्रणी रहे। वह शालीन और मिलनसार व्यक्तित्व के धनी थे। उनके निधन से कला जगत में अपूर्णीय क्षति हुई है।