इस मामले में 78 आरोपियों के खिलाफ मुकदमा आरंभ हुआ। एक आरोपी के गवाह बनने के बाद इस मामले में आरोपियों की संख्या 77 हो गई। इस मामले में 77 आरोपियों के खिलाफ मुकदमा चलाया गया। करीब 8 आरोपी अभी भी फरार हैं। इन आरोपियों के खिलाफ हत्या, आपराधिक षडयंत्र सहित आईपीसी और यूएपीए की विभिन्न धाराओं के तहत मुकदमा चलाया गया।
पुलिस ने दावा किया था कि इंडियन मुजाहिदीन नामक आतंकी संगठन ने इस धमाके की जिम्मेदारी ली थी। अहमदाबाद में सीरियल धमाकों के बाद सूरत में दो दर्जन स्थलों पर बम पाए गए थे। इस मामले में अहमदाबाद में 20 और सूरत में 15 प्राथमिकी दर्ज की गई। इस मामले में सभी 35 प्राथमिकी को एक साथ मिलाकर मुकदमा आरंभ किया गया था।