भाजपा के ही इशारे पर उन्होंने कई बार पार्टी की राष्ट्रीय अध्यक्षा सोनिया गांधी, उपाध्यक्ष राहुल गांधी, महासचिव दिग्विजयसिंह, वरिष्ठतम नेता कमलनाथ, ज्योतिरादित्य सिंधिया, पूर्व प्रभारी महासचिव मोहन प्रकाश व प्रदेश कांग्रेस अध्यक्ष अरूण यादव के विरूद्व अनर्गल टिप्पणियां कर पार्टी के अनुशासन को चुनौतियां दी हैं।
पिछले वर्ष 5 सितम्बर 2016 को उन्होंने सोनिया गांधी को प्रेषित अपने इस्तीफे में सदस्य अखिल भारतीय कांग्रेस कमेटी व पार्टी की प्राथमिक सदस्या से खुद को पृथक कर लिया, जिसके आधार पर श्रीमती गांधी ने 13 सितम्बर को उनका इस्तीफा स्वीकार कर लिया। लिहाजा, वे किस हैसियत से कांग्रेस के प्लेटफार्म का दुरूपयोग कर रहे हैं? मिश्रा ने स्पष्ट किया है कि असलम शेर खान का कांग्रेस पार्टी से कोई सरोकार नहीं है।