रूट करने का सबसे बड़ा नुकसान यह है कि इससे आपके फोन की गारंटी व वारंटी समाप्त हो जाती है। इतना ही नहीं, रूट के दौरान यदि आपने सभी नियमों को सही तरीके से पालन नहीं किया तो आपका फोन पूरी तरह से बेकार हो जाता है। रूट किए गए फोन में सुरक्षा का जोखिम भी बढ़ जाता है। फोन में वायरस आने का खतरा या आपकी निजी सूचनाएं चोरी होने का जोखिम थोड़ा बढ़ जाता है। यही वजह है कि गूगल रूट किए गए फोन में वाॅलेट सेवा नहीं देता।
