अराफात के शिवसेना से बगावत के बाद तत्कालीन मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस ने अपनी पार्टी के कई नेताओं को नाराज किया और अराफात को सिर आंखों पर बिठाया। यही नहीं उन्हें राज्य अल्पसंख्यक आयोग का अध्यक्ष बना दिया।
आयोग के अध्यक्ष को कैबिनेट मंत्री का दर्जा मिला है। शेख ने 4 सिंतबर, 2018 को अपना पदभार संभाला था। राज्य में अब शिवसेना की सरकार बन गई है। ऐसे में, अराफात शिवसेना के आंख की किरकिरी बने हुए थे।