इसके लागू होने के बाद तमाम विरोध के स्वर भी उभरे थे। व्यापारी संगठन द्वारा जगह-जगह आंदोलन किया गया और नारेबाजी कर हड़ताल भी की गई। लेकिन सरकार ने अपने फैसले पर कोई बदलाव नहीं किया। जीएसटी लागू होने के बाद बड़े व्यापारियों को तो ज्यादा नुकसान नहीं हुआ किंतु छोटे व्यापारियों को काफी हद तक नुकसान सहना पड़ा था।