माइक लिंच को बड़ा ब्रेक 1996 में ऑटोनॉमी से मिला, जिसे उन्होंने कैंब्रिज न्यूरोडायनामिक्स के स्पिनऑफ के रूप में डेविड टैबिज़ेल और रिचर्ड गौंट के साथ सह-स्थापित किया था। कंपनी ब्रिटेन की सबसे बड़ी तकनीकी कंपनियों में से एक बन गई। उन्होंने पैटर्न-मिलान एल्गोरिदम से बने ऑटोनॉमी के सॉफ़्टवेयर को एक ऐसे समाधान के रूप में पेश किया गया था जो कर्मचारियों को वेब पेज, ईमेल, वीडियो, ऑडियो और टेक्स्ट सहित असंरचित डेटा से अर्थ निकालने में मदद कर सकता है।