मुख्यमंत्री के फैसले को सही बताने के साथ ही शंकराचार्य ने जांच को लेकर भी अपनी बात रखी। उन्होंने कहा कि किसी पर सिर्फ आरोप लगा देने से उसे दोषी नहीं माना जा सकता क्योेंकि वहीं सच सामने लाने के लिए जांच एजेंसियों को गहराई से काम करना होगा। उन्होंने अपनी मांग में कहा कि मंदिर परिसर के सभी सीसीटीवी फुटेज की जांच होनी चाहिए और पैसों के लेन-देन से जुड़े सभी कागजात और रिकॉर्ड खंगाले जाने चाहिए। उन्होंने यह भी कहा कि अगर किसी के पास गड़बड़ी का कोई ठोस सबूत है, तो उसे छिपाने के बजाय सबके सामने लाना चाहिए, जिससे कि सच और झूठ का फैसला हो सकें।