सैफ की निजी जिंदगी भी चर्चा में रही। साल 1991 में उन्होंने अभिनेत्री अमृता सिंह से शादी की, जिनसे उनकी बेटी सारा और बेटा इब्राहिम हैं। हालांकि, यह शादी ज्यादा दिनों तक नहीं चल सकी और साल 2004 में दोनों का तलाक हो गया। इसके बाद, 2012 में सैफ ने करीना कपूर से शादी की, और उनके दो बेटे तैमूर और जहांगीर हैं।