चैंपियंस ट्रॉफी में हालांकि शमी का प्रदर्शन काफी अच्छा रहा था, लेकिन पाकिस्तान के खिलाफ हुए मैच में उन्हें दाएं टखने समस्या आने लगी थी। इसके चलते वे अपने तीसरे ओवर के बीच में ही मैदान के बाहर चले गए थे। उस मैच में तो उन्होंने वापसी कर ली थी, लेकिन इस टूर्नामेंट के बाद वे एनसीए में चले गए। उसके बाद से वे घरेलु मैचों में लगातार खेल रहे है। घरेलु मैचों में अच्छे प्रदर्शन के बाद भी उन्हें अनफिट बताकर टीम से बाहर रखा गया।