ग्रंथागार में 17 हजार 500 दुर्लभ ग्रन्थों का संग्रह है। इनमें जैन विषयक ग्रन्थ, चारण साहित्य के दोहे, गीत, छप्पय, निसांणी, वचनिका, झमाल, राजस्थानी गद्य की सभी विधाएं, साहित्य-शास्त्र, हिन्दी, राजस्थानी कृतियों के अलावा ज्योतिष, शालिहोत्र और आयुर्वेद के प्राचीन हस्तलिखित ग्रंथ संग्रहीत हैं। राजस्थानी शोध संस्थान ग्रन्थालय में कई विदेशी शोधार्थी भी प्राचीन व ऐतिहासिक दुलर्भ गं्रथों से जानकारी प्राप्त करने आते हैं। इसके साथ ही मारवाड़ के इतिहास से संबंधित यहां कई महत्वपूर्ण गं्रथ मौजूद हैं।