जांच में जुटे अधिकारियों ने बताया कि थ्रीमा ऐप की गोपनीयता इस मामले की जांच को बेहद कठिन बना रही है। एक अधिकारी के अनुसार "थ्रीमा पारंपरिक मैसेजिंग ऐप्स की तुलना में बेहद सुरक्षित है, क्योंकि इसे फोन नंबर या ईमेल से रजिस्टर नहीं किया जाता। हर उपयोगकर्ता को एक अनूठी आईडी दी जाती है, जिससे उनकी पहचान ट्रैक करना लगभग असंभव हो जाता है।" यह ऐप निजी सर्वर पर चलाए जाने की सुविधा देता है। जांचकर्ताओं को संदेह है कि आरोपी डॉक्टरों ने एक प्राइवेट थ्रीमा सर्वर तैयार किया था, जिसका इस्तेमाल वे संवेदनशील दस्तावेज, नक्शे और लोकेशन डेटा शेयर करने के लिए कर रहे थे। थ्रीमा की खासियत यह भी है कि इसमें संदेश दोनों तरफ से हटाए जा सकते हैं और सर्वर पर डेटा स्टोर नहीं होता, जिससे डिलीट किए गए मैसेज रिकवर करना लगभग असंभव हो जाता है।