शंकराचार्य ने संघ प्रमुख पर भी निशाना साधा। उन्होंने कहा, मोहन भागवत अभी उनके सामने बच्चे जैसे हैं। इनके पास न गुरु है, न ग्रंथ और न ही गोविंद हैं। इसी वजह लोगों का ध्यान भटकाने के लिए अनर्गल बयानबाजी हो रही है। उनको पहले आत्ममंथन करना चाहिए। मोहन भागवत द्वारा जाति व्यवस्था पंडितों की देन के सवाल पर कहा कि हां, जाति और वर्ण व्यवस्था ब्राह्मणों ने बनाई, मूर्खों ने नहीं।