मौलाना मोहम्मद कलीम सिद्दीक़ी पर आरोप है की वह अवैध तरीके से पैसे व नौकरी का लालच देकर देश का सबसे बड़ा रैकेट चलाकर लोगों का धर्मान्तरण करवाते थे| क्युकी मौलाना का मानना है की हर हिन्दू को मुस्लमान बन जाना चाहिए जिसके लिए मौलाना ब्राह्मण लड़कियों को खास निशाने पर रखता था|
मौलाना कलीम सिद्दीकी पर यूपी एटीएस (UP ATS) के मुताबिक आरोप है की मौलाना धर्मांतरण के मामले में गिरफ्तार किये जा चुके दो मौलानाओं मोहम्मद उमर गौतम(Umar Gautam) और मुफ्ती काजी जहांगीर कासमी(Mufti Kaji Jahangir Kasmi) मामले की जाँच के दौरान इनका नाम सामने आया था और तभी से यह यूपी एटीएस के राडार पर थे| इनपर आरोप है की यह गैर मुस्लिमों को गुमराह करने, डर दिखा कर धर्मान्तरण कराने और गलत कामों के लिए तैयार करते हैं। जिसके लिए इन्हे विदेशों से भारी मात्रा में फंडिंग और पाकिस्तान से तकनीकी सपोर्ट मिलता था| पुलिस का कहना है कि इस अवैध धन का प्रयोग कर बड़े पैमाने पर तेजी से धर्मांतरण किया जा रहा है।
एक ट्रस्ट की आड़ में वो पिछले 15 सालों से लोगों का धर्मांतरण(Religious Conversion) करवा रहे हैं| और अब तक लगभग 5 लाख लोगों का धर्मान्तरण करवा चुके हैं मौलाना कलीम सिद्दीक़ी|
मौलाना कलीम सिद्दीक़ी के साथ कलीम के ड्राइवर और अन्य 11 लोगों की गिरफ़्तारी की जा चुकी है| मौलाना सिद्दीक़ी को मेरठ से गिरफ्तार किया गया है जब वे नमाज पढ़ने के लिए निकले थे| जहाँ यूपी एटीएस की टीम ने पहुंचकर उन्हें गिरफ्तार कर लिया|