भारत सरकार में सचिव स्तर का पद सर्वोच्च प्रशासनिक पदों में गिना जाता है। सातवें वेतन आयोग के नियमों के अनुसार, एक रक्षा सचिव की तय बेसिक सैलरी 2 लाख 25 हजार रुपये पर मंथ होती है। इस बेसिक सैलरी के ऊपर सरकार की तरफ से महंगाई भत्ता (DA) और अन्य कई भत्ते दिए जाते हैं। सैलरी के अलावा रक्षा सचिव को दिल्ली के लुटियंस जोन में एक बड़ा सरकारी बंगला, आधिकारिक गाड़ी, ड्राइवर, मुफ्त बिजली पानी, फोन और मेडिकल जैसी कई वीआईपी सुविधाएं मिलती हैं। रिटायरमेंट के बाद इन्हें शानदार पेंशन भी दी जाती है।