दरअसल, उनके इस्तीफे को लेकर विपक्ष ने कई सवाल उठाए थे, जिसमें हाउस अरेस्ट जैसे गंभीर आरोप भी शामिल थे। हालांकि, सरकार ने इन आरोपों को सिरे से खारिज किया है। विपक्ष ने यह भी दावा किया था कि धनखड़ के इस्तीफे का संबंध जस्टिस यशवंत वर्मा के खिलाफ महाभियोग प्रस्ताव से जुड़ा हो सकता है, लेकिन धनखड़ ने इस पर कोई टिप्पणी नहीं की है।