शंकराचार्य अविमुक्तेश्वरानंद ने कहा कि बाबर आक्रांता था। यदि कोई उसके साथ जुड़कर अपनी पहचान बताता है तो उसको भी आक्रांता मानेंगे। उसी तरह का व्यवहार करेंगे। उन्होंने कहा कि मस्जिद बनाने से आपत्ति नहीं, लेकिन बाबर के नाम पर स्वीकार्य नहीं है। शंकराचार्य अविमुक्तेश्वरानंद ने कहा कि मस्जिद बनाएं हमें उसमें क्या आपत्ति है, मस्जिद बनाएं और ईश्वर की अराधना अपने ढंग से करें।