विजय कृष्ण की पूरी राजनीतिक यात्रा नीतीश कुमार और लालू प्रसाद यादव की राजनीति के इर्द‑गिर्द घूमती रही है। 1990 के दशक की शुरुआत में वे नीतीश कुमार के क़रीबी सहयोगी थे, लेकिन नीतीश के समता पार्टी बनाने के बाद दोनों की राहें अलग हो गईं। इसके बाद विजय कृष्ण ने बाढ़ लोकसभा सीट को अपनी मुख्य राजनीतिक जमीन बनाया और वहीं से नीतीश कुमार के ख़िलाफ़ कई चुनाव लड़े। 1996, 1998 और 1999 के लोकसभा चुनावों में उन्हें नीतीश कुमार से लगातार हार झेलनी पड़ी। उनका सबसे बड़ा राजनीतिक क्षण 2004 के आम चुनाव में आया, जब राजद उम्मीदवार के रूप में उन्होंने तत्कालीन रेलमंत्री नीतीश कुमार को बाढ़ से 37 हज़ार से ज़्यादा वोटों के अंतर से हराकर एक बड़ा उलटफेर कर दिया।