अयोध्या के प्रशासनिक ढांचे पर बात करते हुए महंत धर्मदास बाबा ने वर्तमान 'ट्रस्ट व्यवस्था' पर गंभीर सवाल उठाए। उन्होंने मांग की कि अयोध्या की व्यवस्था को केवल ट्रस्ट के भरोसे छोड़ने के बजाय पुरानी और पारंपरिक 'महंत व साधु केंद्रित' व्यवस्था को दोबारा लागू किया जाना चाहिए। उन्होंने कहा कि लोग अयोध्या में भगवान राम का दर्शन करने आते हैं, किसी धर्मदास या चंपत राय को देखने नहीं आते। इसलिए व्यवस्था में बदलाव होना जरूरी है। ट्रस्ट का काम केवल रुपये-पैसे और बजट का प्रबंधन देखना होना चाहिए, न कि यह तय करना कि मंदिर के भीतर पुजारी क्या करेगा और पूजा-पाठ कैसे चलेगा। यह काम साधु-संतों का ही है।