उदयनिधि ने सनातन धर्म को लेकर भी ऐसा बयान दिया था, जिसके बाद बवाल खड़ा हो गया। दरअसल, 2023 में एक कार्यक्रम के दौरान सनातन धर्म की तुलना छूत की बीमारियों से की थी। उन्होंने कहा था कि कुछ ऐसी बाते होती हैं, जिनका हम सिर्फ विरोध कर सकते हैं। उन्हें जड़ से खत्म करना होता है। हम मच्छर, डेंगू, मलेरिया या कोरोना का विरोध नहीं करते, बल्कि उन्हें मिटाते हैं। सनातन धर्म भी ठीक ऐसा ही है। भाजपा और हिंदू संगठनों ने इसे नरसंहार की अपील बताया। कई FIR दर्ज हुईं। मद्रास हाईकोर्ट ने बाद में इसे हेट स्पीच माना।