पाकिस्तान में सेना यकीनन सबसे प्रभावशाली संस्था है, जहाँ उसने ब्रिटेन से आजादी के बाद से अपने 71 साल के इतिहास के लगभग आधे हिस्से पर शासन किया। पाकिस्तान में आईएसआई प्रमुख का रोल भी अहम रहा है। इस पद पर सेना के अधिकारियों को ही शामिल किया जाता है। लंबे समय से एजेंसी भारत में अशांति फैलाने का काम करती रही है। उस पर आरोप लगता रहा है कि वह पड़ोसी देशों में आतंकवादियों को पनाह देने वाले इस्लामिक आतंकवादियों का समर्थन करता है।इसके कई सबूत भारत यूएन तक पहुंचा चुका है।