अतीक अहमद की शादी शाइस्ता परवीन से हुई थी और उनके पांच बेटे थे। अतीक की कोई बेटी नहीं है। असद के एनकाउंटर में मारे जाने और अब सबसे छोटे बेटे अबान की हादसे में मौत के बाद अतीक के केवल तीन बेटे ही जीवित बचे हैं। सबसे बड़ा बेटा उमर अहमद लखनऊ जेल में बंद है, जबकि दूसरा बेटा अली अहमद रंगदारी और आपराधिक मामलों के आरोप में जेल में सजा काट रहा है। चौथा बेटा अहजाम अहमद, जो पहले बाल सुधार गृह में था, फिलहाल अपने रिश्तेदारों के संरक्षण में है।