वहीं संस्था स्तर की काउंसिलिंग में अभ्यर्थी को किसी एक संस्था हेतु ही अपने विकल्प चयन करने की छूट होगी। अभ्यर्थी जिस संस्था का चयन कर रहा है, उस संस्था में उपलब्ध अधिक से अधिक विषय चयन कर सकते हैं। साथ ही संस्था स्तर की काउंसिलिंग हेतु आवेदन करने पर यदि अभ्यर्थी द्वारा किसी संस्था में प्रवेश लिया हुआ है, तो वह तब तक निरस्त नहीं होगा, जब तक की अभ्यर्थी संस्था स्तर की काउंसिलिंग में प्रवेश नहीं लेगा।