पाकिस्तानी समाचार पत्र डॉन के अनुसार, जंजुआ ने अंतरिम सरकार के साथ मतभेद की वजह से इस्तीफा दिया है। उन्होंने एक सैन्य अभ्यास 'अजमी नाउ' की तैयारियों पर भी काम किया, जो खास तौर से भारत पर केंद्रित था। दिसंबर 2017 में तत्कालीन प्रधानमंत्री शाहिद खकान अब्बासी ने जंजुआ को राष्ट्रीय सुरक्षा नीति पेश करने का काम सौंपा था।